Mientras el ejército libertador desembarcaba en Pisco, la guerra del sur, que todos creían agonizante, ganaba de súbito un aspecto trágico.
Aprovechando el candor de Freire, Benavides había logrado organizar un ejército de 800 infantes y novecientos jinetes, gracias a las armas y otros elementos que había traído Pico del Perú.
Freire había perdido en una semana la mitad de su ejército y toda la provincia de Concepción. No era, por cierto, hombre para organizar operaciones estratégicas aplicadas, pero tenía ánimo en las dificultades, buen ejército y resolución ejecutiva. Estas características lo iban a salvar. Decidió oportunamente encerrarse en Talcahuano y esperar socorro por mar o por tierra.
El 02 de Octubre ocupaba los realistas Concepción. Logró Benavides aumentar sus fuerzas a 1.751 hombres de tropas regulares y 2.400 milicianos disciplinados. Los guerrilleros de Pincheira y Hermosilla se adueñaron, a su vez, de Chillán y San Carlos, donde cometieron increíbles atrocidades.
A pesar de estos contrastes, Freire llegó a la conclusión de que estaba cercado por fuerzas militarmente ineficaces, y, sin esperar los refuerzos pedidos a Santiago, realizó una salida con pleno éxito, derrotando a Benavides en las Vegas de Talcahuano. El 27 de noviembre avanzó sobre la ciudad penquista. Benavides le presentó batalla en el lugar que después se denominaría la Alameda Concepción. La actitud de los cazadores de Coquimbo, que se pasaron a sus filas al grito de “¡Viva la Patria!”, produjo la desbandada de las fuerzas realistas. La totalidad del ejército de Benavides logró sucumbió bajo los sables de la caballería de Freire, que, en venganza de los aleves asesinatos de Alcázar y sus oficiales, ordenó no hacer prisioneros. Benavides logró salvarse una vez más gracias a la velocidad y resistencia de su caballo.
Con todo; las rotundas victorias patriotas no afirmaban la pacificación del sur. Lo que iba a cambiar la faz de la campaña era la persona elegida para su comando: el coronel Joaquín Prieto. Sus estupendas cualidades habían pasado hasta el momento inadvertidas. Para los padres de la Patria, el arquetipo del general era un hombre torpe y bravo, que embistiera al enemigo como toro, con los ojos cerrados; de aquí el enorme prestigio de Freire y de Bueras. Además, se exigía que el militar fuera “amatonado”, grosero, borracho, mujeriego y jugador. Prieto no contaba en su haber ninguna de estas “virtudes”; por el contrario, era sobrio, astuto, perspicaz y dotado de una singular penetración psicológica. Sin duda el único hombre que, en ese momento, podía dominar en el sur.
El 12 de diciembre la división Prieto entraba en Chillán, iniciando una política de apaciguamiento con positivos e inmediatos resultados. Masas gimientes de mujeres y niños que huían despavoridos y los resplandores de los ranchos que ardían al paso de la horda indicaban la proximidad del bandido al río Chillán. Prieto presentó combate, mas su victoria le costó cara, por la inesperada resistencia de Pico. Como Freire se mantuviera inactivo en Concepción, le envió toda su caballería para que operara en la Araucanía, publicó una amnistía para todos los realistas que quisieran volver a sus hogares, se captó a los más influyentes y supo ganarse a muchos guerrilleros. Su energía templada hizo más patriotas en seis meses que la campaña de ocho años de sus predecesores.
Pero Benavides había quedado en posesión de Arauco. Desesperanzado de obtener nuevos auxilios del Perú, optó por conseguirlos por medio de la piratería. La presa más valiosa de sus audaces piraterías fue el bergantín “Ocean”, que llevaba al Callao para el ejército del virrey 15.000 fusiles, sables, carabinas y municiones. De nuevo el siniestro bandolero contaba con toda clase de recursos, armas para organizar un ejército de más de 4.000 hombres.
En los primeros días de septiembre se concentraban en el Biobío todas las fuerzas de Pico y Benavides. Llevaban excelente armamento para fortalecer las guerrillas. Los soldados, como antes, no ganaban sueldo. Debían suplirlo esquilmando en el camino a los últimos y míseros sobrevivientes de las depredaciones pasadas.
Por fortuna, Prieto iba a desplegar, ante la temible amenaza, dotes desconocidas antes y después entre gobernantes y generales chilenos. Aprovechando los menores descuidos tácticos de Benavides, a pesar de la inferioridad numérica de sus fuerzas, lo sorprendió en las vegas de Saldía, cuando el bandido iniciaba el paso del río Chillán. Enclavando el grueso de sus fuerzas, atacó al trote por distintos lados, con lo que lograba impedir a los realistas que formaran línea. Pronto sonó el sálvense quien pueda. Cuando Prieto llegó con la infantería, ya Bulnes había destrozado al enemigo sin contar una sola baja en sus filas. La más hábil y afortunada persecución que recuerda la historia de Chile, prolongada hasta las mismas márgenes del Bio-Bio, había liquidado de nuevo al ejército de Benavides. Como en ocasiones anteriores, el bandido se salvaba a uña de caballo. Pero ahora no le iba a ser tan fácil reorganizarse.
El ladino Benavides, solo y derrotado, pretendió engañar a Prieto y a O`Higgins, como lo había logrado con San Martín y Freire, protestando patriotismo y ofreciéndose para dirigir la pacificación de Arauco. Pronto se convenció de la inutilidad de sus esfuerzos, y decidió embarcarse al Perú. Al reaclarar en Topocalma la lancha que lo conducía, fue denunciado y apresado. El 13 de febrero entraba en la capital conducido en un asno y vestido como payaso. Diez días después se le arrestaba desde la cárcel a la plaza en un serón. El cadáver quedó en la horca hasta el anochecer. Fue descuartizado y enviados sus restos, por separado, al escenario de sus atrocidades. Un año después, todavía su cabeza, encerrada en una jaula, permanecía colgada de un poste en los suburbios de Concepción.
Prieto había dado término en buena hora a la guerra con los realistas. Logró concluir en un mas la tarea que su predecesor no había logrado realizar en dos años con los mismos elementos. Pero en substitución de la guerra organizada surgió otro arduo problema en Arauco. Los antiguos caudillos, por obstinación, por temor a las sanciones o, lo que es mas probable, por el hábito tristemente adquirido, se distribuyeron entre los caciques amigos, con una docena de soldados, los más sin armas. Las depredaciones en la isla del Laja y demás comarcas fronterizas continuaron igual o peor que antes. Prieto intentó resolver el problema con las armas. Mas los indios al día siguiente de vencidos, reaparecían en número mayor cada vez. Tanto Prieto como Bulnes tuvieron que retroceder sin lograr sus propósitos. El primero si había convencido de que el problema era una nueva faceta de la lucha secular entre españoles y mapuches y que sólo podían solucionarlo el avance de la civilización, el mestizaje y el correlativo desplazamiento del indio en más de medio siglo de tenaz esfuerzo.
Prieto regresaba victorioso a Santiago en Marzo de 1822. Se le ascendió a general, pero ya ardía la lucha entre el director supremo y la mayoría de la opinión. Su personalidad, envuelta en el odio a O`Higgins, iba a eclipsarse por ocho años, para renacer presidiendo entre 1831 y 1841 la creación política más fecunda que ha conocido la América española.
